Facturation électronique et secteur public : ce que la réforme change (ou non) pour les entités publiques

La réforme de la facturation électronique est entrée en vigueur le 1er septembre 2026 pour l'ensemble des assujettis à la TVA, et la sphère publique aborde cette échéance avec une position singulière : elle pratique la facturation électronique depuis bientôt dix ans. Les entités publiques reçoivent les factures de leurs fournisseurs via Chorus Pro depuis 2017, dans des formats déjà proches de ceux que la réforme généralise. Les collectivités, établissements publics et administrations ne sont pas pour autant spectateurs de cette généralisation : depuis septembre 2026, les entités publiques assujetties à la TVA devront émettre leurs factures au format électronique et transmettre leurs données de e-reporting, via Chorus Pro. Dans cet article, nous détaillons ce que la réforme conserve, ce qu'elle ajoute et les chantiers à engager pour préparer votre entité sans perturber vos services.

La facturation électronique en bref

La réforme s'articule autour de trois volets : la facturation électronique proprement dite, ou e-invoicing, s'applique aux opérations entre assujettis à la TVA établis en France. Les factures circulent au format structuré, de plateforme à plateforme, avec transmission des données de facturation à l'administration. Le e-reporting de transactions couvre les opérations réalisées avec des non-assujettis, particuliers en tête, ainsi que les opérations internationales. Le e-reporting de paiement concerne enfin les opérations dont la TVA est exigible à l'encaissement, comme les prestations de services, quelle que soit la nature du client.

Pour les entreprises, le calendrier s'articule en deux temps :

La sphère publique suit quant à elle sa propre trajectoire, qui s'appuie sur un acquis solide.

Une longueur d'avance : la facturation électronique publique depuis 2017

L'ordonnance du 26 juin 2014 a institué une triple obligation : pour les fournisseurs, titulaires et sous-traitants de contrats conclus avec l'administration, celle de transmettre leurs factures sous forme dématérialisée ; pour les administrations, celle de les accepter ; et pour les entités publiques, celle d'utiliser la plateforme Chorus Pro pour le dépôt, la transmission et la réception de ces factures. Le déploiement s'est opéré progressivement selon la taille des entreprises, des grandes entreprises en 2017 aux micro-entreprises en 2020.

Ce dispositif a fait de la sphère publique un précurseur. Les administrations reçoivent déjà des factures électroniques dans des formats qui se rapprochent de ceux exigés en septembre 2026, et les bénéfices constatés préfigurent ceux attendus de la généralisation : suppression des aléas d'acheminement, suivi des dépôts et de la prise en charge par les fournisseurs, réduction des délais de traitement et de paiement…

Côté réception : la continuité prévaut

Pour vos factures fournisseurs, la réforme ne modifie pas le dispositif en place depuis 2017. Les entreprises continueront de déposer sur Chorus Pro les factures destinées aux entités publiques, que celles-ci soient assujetties ou non à la TVA, et les entités publiques continueront d'y déposer leurs factures destinées aux autres entités publiques. Contrairement aux entreprises, votre entité n'a donc aucune plateforme agréée à sélectionner : Chorus Pro demeure la plateforme de référence de la sphère publique.

La nouveauté se situe en amont, du côté de vos fournisseurs. À compter de septembre 2026, ceux qui ont choisi une plateforme agréée pourront transmettre leurs factures via cette plateforme, raccordée à Chorus Pro, la cible du dispositif étant un canal de facturation unique pour l'entreprise, quel que soit son client. Les modalités actuelles de Chorus Pro (saisie sur le portail, dépôt, EDI, API) resteront accessibles à titre provisoire, le temps de la généralisation. Concrètement, vos services recevront des factures identiques dans leur circuit de traitement, mais progressivement plus riches en données structurées.

Côté émission : la vraie nouveauté de septembre 2026 pour les entités assujetties

Le changement le plus structurant concerne les entités assujetties à la TVA, c'est-à-dire celles qui exercent des activités économiques et commerciales soumises à la taxe : services d'eau et d'assainissement, locations de salles ou budgets annexes industriels et commerciaux, y compris sous le régime de la franchise en base. À compter du 1er septembre 2026, ces entités devront émettre leurs factures au format électronique et transmettre leurs données de facturation à l'administration fiscale. La DGFiP a fait le choix de positionner Chorus Pro comme la plateforme d'émission des factures électroniques des entités publiques assujetties vers les structures assujetties, en complément de son rôle historique de réception.

Pour le secteur public local et la sphère hospitalière, l'application Hélios et son offre de service ASAP portent l'essentiel de la complexité technique. Hélios sera enrichi pour convertir les factures au format requis par la réforme (Factur-X), avec des contrôles de présence de l'émetteur et du destinataire dans l'annuaire, et un contrôle des doublons de numéros de facture. Les ordonnateurs devront en contrepartie codifier les factures ASAP émises avec TVA à destination de structures assujetties, afin qu'Hélios les oriente vers Chorus Pro. Les factures émises hors Hélios, notamment par les régies, devront quant à elles être transmises à Chorus Pro directement par le système d'information de la collectivité.

E-reporting et cycle de vie : les autres évolutions à intégrer

Les entités publiques assujetties héritent également d'une obligation de e-reporting pour leurs ventes et prestations à destination de personnes physiques ou de personnes morales non assujetties, comme les associations, en France comme à l'étranger. Ces opérations ne pouvant être déposées sur Chorus Pro, les données de ventes et de TVA correspondantes seront constituées à partir des données comptables issues d'Hélios, comptabilisées par taux et par catégorie de transaction.

La réforme introduit par ailleurs le cycle de vie de la facture dans les circuits publics : chaque facture émise portera des statuts obligatoires (rejetée à l'entrée de Chorus Pro, déposée, refusée par le destinataire, encaissée pour les opérations à TVA sur les encaissements), et les flux retour seront adaptés pour que l'ordonnateur intègre ces statuts dans son système d'information. Une transparence dont les directions financières publiques pourront tirer parti pour suivre leurs recettes.

Deux points de vigilance signalés par la DGFiP

L'administration attire l'attention des collectivités sur deux circuits particuliers :

• Le premier concerne les factures uniques de redevances d'eau et d'assainissement, dites multi-vendeurs, où le budget eau facture pour le compte d'un tiers : la TVA portée par la facture doit pouvoir être isolée entre les budgets concernés, surtout lorsqu'ils relèvent de SIREN différents. Ce cas d'usage est documenté dans la norme AFNOR et des travaux sont en cours à l'AIFE pour son intégration dans Chorus Pro.

• Le second concerne les régies : le régisseur déposera sur Chorus Pro les factures émises pour les entreprises concernées, et le traitement des impayés, qui donne lieu à un titre de recette, aurait pu conduire à un double dépôt de la même facture. Pour écarter tout risque de double comptabilisation et de déclaration de TVA faussée, il a été acté que l'ASAP consécutif à un impayé en régie ne serait pas orienté vers Chorus Pro.

Le tableau récapitulatif : qui est concerné par quoi ?

La règle à retenir rejoint celle du secteur privé : tout dépend de l'assujettissement à la TVA. La différence tient au canal, puisque la sphère publique n'a pas de plateforme agréée à choisir, Chorus Pro jouant ce rôle pour elle.

Comment préparer votre entité avant l'échéance

La DGFiP propose aux collectivités une démarche par questionnement qui constitue une feuille de route efficace : recenser les activités de l'entité soumises à la TVA, vérifier le raccordement à Chorus Pro en réception comme en émission vers d'autres administrations, identifier le circuit d'émission de chaque flux (via Hélios ou via une régie), s'assurer que le PES-ASAP est déployé pour émettre au format requis, et vérifier auprès des éditeurs que les logiciels de facturation, notamment ceux des régies, seront conformes. Vos interlocuteurs de proximité, comptables publics et conseillers aux décideurs locaux, constituent le premier niveau d'accompagnement, complétés par les webinaires et supports mis à disposition par la DGFiP et le CNFPT.

Mooncard aux côtés de la sphère publique et de ses fournisseurs

La réforme place le secteur public dans une situation plus confortable que les entreprises : un portail unique déjà en place, pas de plateforme à sélectionner, et des chantiers avant tout techniques à mener avec vos éditeurs et votre comptable public. Mooncard, qui accompagne déjà des collectivités et des établissements publics dans la gestion de leurs dépenses professionnelles, suit ces évolutions de près pour ses clients de la sphère publique.

La transition se joue aussi chez vos fournisseurs. Les PME, ETI et grands groupes titulaires de marchés publics vivent la même échéance de leur côté, et Mooncard les aide à réceptionner, contrôler et rapprocher leurs factures, pour des échanges plus fluides sur l'ensemble de la chaîne, de l'entreprise à l'ordonnateur.