Notes de frais et facturation électronique : le guide 2026

La facturation électronique arrive à partir de septembre 2026 et va transformer en profondeur les transactions telle que nous les connaissons. Si la gestion des factures B2B domestiques (e-invoicing) et des factures B2C (e-reporting) sont bien encadrées dans le périmètre de la réforme, celle des notes de frais est un peu moins clair.

La situation oblige chaque direction financière à requalifier une à une les dépenses de ses collaborateurs : certaines basculent dans l'e-invoicing, d'autres dans l'e-reporting, et plusieurs situations intermédiaires ont été précisées par l'administration au fil des travaux préparatoires.

Frais avancés par les salariés, péages, notes de restaurant : cet article passe en revue chaque situation, avec ses conséquences concrètes sur la TVA, le pré-remplissage et les processus de remboursement.

Ce que la réforme prévoit, et où se logent les notes de frais

Au 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA établies en France devront être en capacité de recevoir des factures électroniques via une Plateforme Agréée (PA).

À la même date, les grandes entreprises et les ETI devront émettre leurs factures domestiques B2B dans ce format. Les PME, TPE et micro-entreprises suivront au 1er septembre 2027.

Le socle juridique repose sur deux obligations :

1. Le e-invoicing : l'émission, la transmission et la réception des factures entre assujettis établis en France (B2B domestique) devra passer par des plateformes agréées, ou des solutions compatibles raccordées à des plateformes agréées.
2. Le e-reporting : ce champ couvre les opérations hors champ de l'e-invoicing, à commencer par le B2C. Il prévoit la transmission des données de transaction et de paiement à l’administration fiscale..

Et la note de frais dans tout cela ?

Elle reste un document interne, hors du champ de la réforme en tant que telle. Mais les justificatifs qui la composent sont presque tous concernés. Une facture d'hôtel est une facture B2B. Un ticket de restaurant est une transaction B2C. Un reçu de péage relève d'une tolérance doctrinale spécifique. Cela fait trois régimes pour une même enveloppe de remboursement, et c'est précisément ce que la réforme oblige à organiser.

Facture au nom de l'entreprise : circuit e-invoicing

Quand un collaborateur avance des frais et obtient une facture libellée au nom de son entreprise, cette facture entre dans le circuit nominal de la facturation électronique. La conséquence est directe : elle ne transite plus par le salarié. Elle part du système du fournisseur, passe par sa plateforme agréée, puis arrive sur la plateforme agréée de l'entreprise, accompagnée de ses statuts de cycle de vie.

Pour que cela fonctionne, le collaborateur devra donner au fournisseur le SIREN de son entreprise et son adresse de facturation électronique.

Deux bonnes pratiques à mettre en place dès maintenant :

• Ouvrir une adresse de réception dédiée aux frais de collaborateurs, pour router ces factures vers le bon circuit de traitement sans engorger la comptabilité fournisseurs.
• Faire renseigner sur la facture un élément de rattachement au collaborateur : un matricule plutôt qu'un nom, pour limiter les données personnelles qui circulent dans les factures, un numéro de ticket de caisse, ou les derniers chiffres de la carte utilisée pour le paiement. Sans cet identifiant, la comptabilité recevra des factures impossibles à raccrocher à une demande de remboursement.

Ticket de caisse ou facture au nom du salarié : e-reporting et TVA non sécurisée

La situation inverse est tout aussi fréquente : prenons l’exemple d’un collaborateur qui se déplace sur un salon en VTC. Il passe par son application pour réserver sa course, l’application émet un simple reçu, ou une facture au nom et à l'adresse du collaborateur.

L'opération constitue alors une vente B2C entre le fournisseur et un particulier. Elle échappe à l'obligation de facturation électronique et bascule dans l'e-reporting : le vendeur la déclare dans son cumul quotidien de transactions, complété des données de paiement pour les prestations de services dont la TVA est due à l'encaissement.

Pour l'entreprise qui rembourse, le point dur est fiscal. Sans facture adressée à l'entreprise, le droit à déduction de la TVA n'est pas sécurisé. Sur le fond, le principe est ancien, ce qui change, c'est la visibilité. La TVA collectée par le vendeur remonte désormais en e-reporting, le pré-remplissage de la déclaration de TVA de l'entreprise ne contiendra rien au titre de ces dépenses, et toute déduction pratiquée sur la base d'une facturette créera un écart documenté entre le pré-rempli et le déclaré. L'administration disposera de la matière pour questionner ces écarts, période par période.

Une solution existe : demander la facture a posteriori. Le fournisseur peut émettre une facture électronique au nom de l'entreprise, même après avoir déclaré la vente en B2C, sans que la TVA soit comptée deux fois. L'entreprise récupère alors le bénéfice du pré-remplissage de sa TVA déductible.

Péages et restaurants : deux cas avec leurs propres règles

Ces deux types de dépenses ne suivent ni l'un ni l'autre le schéma standard. L'administration a précisé pour chacun une tolérance spécifique, avec en contrepartie des conséquences particulières sur la TVA.

Péages et automates

Les reçus délivrés aux barrières de péage continueront de valoir facture, sous trois conditions :

• mentionner le taux et le montant de la TVA,
• porter un numéro séquentiel,
• et prévoir un espace pour les informations du client.

Le concessionnaire déclare ces passages en e-reporting B2C ; les automates n'ont pas à être modifiés.

La contrepartie : la TVA récupérable sur ces péages ne figurera pas dans le pré-remplissage de la déclaration de l'entreprise. L'entreprise la déduit quand même, mais crée un écart visible par rapport au pré-rempli. Il faudra conserver les reçus pour le justifier face à un contrôle.

Le télépéage et les cartes accréditives obéissent à une logique différente : ils identifient l'abonné et donnent lieu à une facture périodique au nom de l'entreprise. Ces dépenses entrent dans le circuit e-invoicing, les flottes équipées de badges sont déjà dans le circuit nominal.

Notes de restaurant

La doctrine fiscale maintient la tolérance des factures simplifiées : en dessous de 150 € HT, une note de restaurant peut ne pas identifier le client. En dessous de 25 €, le restaurateur n'a pas à remettre de note si le client n'en demande pas.

Trois situations en découlent :

1. Sous 150 € HT, sans demande de facture : Le collaborateur règle, garde son ticket et le soumet en note de frais. Le restaurateur déclare la vente en e-reporting B2C. Pour l'entreprise, c'est la même logique que pour tout justificatif au nom du salarié : la TVA ne sera pas pré-remplie, et sa déduction devra être documentée.
2. Avec une facture demandée au moment du paiement : si le collaborateur donne son SIREN au restaurateur et que le système de caisse permet de sortir la vente de l'e-reporting B2C, la facture part en e-invoicing vers la Plateforme Agréée de l'entreprise. La TVA déductible est alors pré-remplie. Encore faut-il que le restaurateur soit équipé pour le faire, et que le collaborateur ait le réflexe de le demander.
3. Avec une facture demandée après coup, ou si la caisse ne peut pas isoler la vente : le restaurateur peut émettre une facture électronique sans comptabiliser deux fois la TVA. L'entreprise récupère le bénéfice du pré-remplissage. Au-delà de 150 € HT, la facture au SIREN de l'entreprise est obligatoire et suit le circuit e-invoicing.

La règle pratique à retenir : en dessous de 150 € HT, un ticket numérisé suffit mais la TVA reste à sécuriser. Au-dessus, sans facture au SIREN de l'entreprise, la TVA est perdue.

Tableau récapitulatif : quel circuit pour quelle dépense

Le chantier des directions financières : cinq points à traiter avant septembre

• Classer les dépenses

Passer en revue les catégories de dépenses de collaborateurs et identifier pour chacune le circuit applicable. Le traitement comptable, le pré-remplissage TVA et le niveau de risque diffèrent selon les cas. Un mapping par catégorie et par volume de dépenses suffit pour voir où se concentrent les enjeux.

• Préparer l'adressage

Choisir l'adresse de facturation électronique de l'entreprise, communiquer le SIREN aux collaborateurs, et définir ce qu'ils doivent donner aux fournisseurs. Un salarié qui ne sait pas quoi indiquer produit des factures mal adressées, à corriger manuellement.

• Éviter le double paiement

C'est le risque le plus coûteux de la transition. Un salarié paye son hôtel et soumet une note de frais. L'hôtel émet en parallèle une facture électronique au nom de l'entreprise. Sans vérification entre les deux flux, l'entreprise paie l'hôtel et rembourse le salarié. Un rapprochement automatique entre factures reçues et notes de frais est indispensable.

• Gérer les statuts des factures

Les factures reçues sur la plateforme agréée doivent être approuvées, refusées ou contestées dans les délais. Une facture avec un SIREN erroné doit être refusée, sinon elle reste dans le circuit et alimente le pré-remplissage TVA à tort. Il faudra un outil capable de suivre ces statuts.

• Archiver les justificatifs B2C

Les tickets de caisse et reçus de péage qui ne donnent pas lieu à une facture électronique doivent être numérisés avec valeur probante et conservés. Ce sont ces documents qui permettront de justifier les écarts entre la TVA déduite et le pré-remplissage de la DGFiP.

Le régime de sanctions de la loi de finances pour 2026 encadre l'ensemble :

• 50 € par facture non émise au format électronique (plafonné à 15 000 € par an)
• 500 € puis 1 000 € après mise en demeure pour défaut de Plateforme Agréée en réception
• 500 € par transmission d'e-reporting manquante.

Un droit à l'erreur couvre la première infraction régularisée dans les trente jours, et la DGFiP a confirmé en mai 2026 que les sanctions ne seraient pas automatiques.

L'approche Mooncard : déplacer les dépenses vers le circuit nominal

La lecture de ces situations conduit à un constat simple : plus une dépense est payée directement par l'entreprise, plus elle reste dans le circuit e-invoicing, là où la TVA se pré-remplit et où les écarts disparaissent. Les cartes professionnelles nominatives déplacent la frontière exactement dans ce sens. Le paiement devient un paiement de l'entreprise, la facture peut être libellée à son nom dès l'achat, et l'avance de frais du salarié, avec son ticket B2C et sa TVA fragile, redevient l'exception.

Mooncard vous accompagne dans cette bascule de bout en bout : capture du justificatif au moment du paiement, lecture automatique des montants et de la TVA, archivage à valeur probante, rapprochement entre la transaction carte et la facture électronique reçue, puis ventilation comptable et préparation de la TVA déductible ligne à ligne. Les écritures arrivent prêtes à l'export vers l'outil comptable, et les contrôles de cohérence éliminent le risque de double remboursement.

Vous voulez évaluer l'impact de la réforme sur vos processus de frais professionnels ? Nos équipes accompagnent les directions financières dans cette transition.